Los árboles binarios también pueden ser almacenados como una estructura de datos implícita en arrays, y si el árbol es un árbol binario completo, este método no desaprovecha el espacio en memoria. Tomaremos como notación la siguiente: si un nodo tiene un índice i, sus hijos se encuentran en índices 2i+1 y 2i + 2, mientras que sus padres (si los tiene) se encuentra en el índice (i-1)/2 (partiendo de que la raíz tenga índice cero). Este método tiene como ventajas el tener almacenados los datos de forma más compacta y por tener una forma más rápida y eficiente de localizar los datos en particular durante un preorden transversal. Sin embargo, si el árbol no está completo, desperdicia mucho espacio en memoria.